L'Acquario Civico è ospitato in uno splendido edificio liberty che con i suoi fregi e maioliche racconta all'esterno il suo contenuto. È situato accanto all'Arena civica e ai margini del Parco Sempione, di cui riproduce l'architettura ellittica. L'attuale assetto dell'edificio e delle vasche è frutto della ristrutturazione (2003-2006) che ha restituito l'Istituto, nella sua nuova veste, ai visitatori e alla cittadinanza.
